近期，商務部認定臺灣地區存在“貿易壁壘”的問題為島關注的焦點，藍綠白三組參選人也分別對此發表了不同的觀點。綠營表示，他們將在WTO框架尋求解決問題的辦法。然而，這一觀點到了島名的批評，因為ECFA與WTO是完全不同的經貿系，而且臺灣地區對大陸2000多項商品限制進口的做法也違背了WTO的公平互惠貿易原則。

對此，臺灣政論名郭正亮表示，ECFA本就是大陸對臺灣讓利的善意表達，然而民進黨當局一方面希ECFA帶來的好，另一方面卻不斷挑釁，這種做法只會導致ECFA的效果大幅收窄。因為兩岸簽署ECFA的前提是“九二共識”，如果這一前提被忽視，ECFA的實際效果將會到限制。

郭正亮認為，藍綠白三組參選人中，只有侯友宜的做法是可行的。侯友宜表示，如果當選，他將迅速重啟兩岸經貿流，建立固定的通流和協商機制，這才是解決問題的正確途徑。相比之下，民進黨當局只會喊口號，聲稱要去WTO仲裁，但實際上他們心知肚明這樣做沒有勝算，而且從未提出過這一要求，這種行為只是為了欺騙選民。

國民黨籍前臺北市副市長李永萍表示，ECFA的前提是“九二共識”，基礎就是雙方的善意，大陸方面主放棄部分產品出口臺灣地區，這完全是對臺灣企業的保護，是表達了最大的善意，然而臺灣卻沒有回報以善意。